NTFS 5.0的特點主要體現在以下幾個方面：
1. NTFS可以支持的分區(如果采用動態磁盤則稱為卷)大小可以達到2TB。而Win 2000中的FAT32支持分區的大小最大為32GB。
2. NTFS是一個可恢復的文件系統。在NTFS分區上用戶很少需要運行磁盤修復程序。NTFS通過使用標準的事物處理日志和恢復技術來保證分區的一致性。發生系統失敗事件時，NTFS使用日志文件和檢查點信息自動恢復文件系統的一致性。
3. NTFS支持對分區、文件夾和文件的壓縮。任何基于windows的應用程序對NTFS分區上的壓縮文件進行讀寫時不需要事先由其他程序進行解壓縮，當對文件進行讀取時,文件將自動進行解壓縮；文件關閉或保存時會自動對文件進行壓縮。
4. NTFS采用了更小的簇,可以更有效率地管理磁盤空間。在Win 2000的FAT32文件系統的情況下,分區大小在2GB～8GB時簇的大小為4KB；分區大小在8GB～16GB時簇的大小為8KB；分區大小在16GB～32GB時,簇的大小則達到了16KB。而Win 2000的NTFS文件系統，當分區的大小在2GB以下時,簇的大小都比相應的FAT32簇小;當分區的大小在2GB以上時(2GB～2TB),簇的大小都為4KB。相比之下，NTFS可以比FAT32更有效地管理磁盤空間，最大限度地避免了磁盤空間的浪費。
5. 在NTFS分區上,可以為共享資源、文件夾以及文件設置訪問許可權限。許可的設置包括兩方面的內容：一是允許哪些組或用戶對文件夾、文件和共享資源進行訪問；二是獲得訪問許可的組或用戶可以進行什么級別的訪問。訪問許可權限的設置不但適用于本地計算機的用戶,同樣也應用于通過網絡的共享文件夾對文件進行訪問的網絡用戶。與FAT32文件系統下對文件夾或文件進行訪問相比，安全性要高得多。另外,在采用NTFS格式的Win 2000中,應用審核策略可以對文件夾、文件以及活動目錄對象進行審核，審核結果記錄在安全日志中，通過安全日志就可以查看哪些組或用戶對文件夾、文件或活動目錄對象進行了什么級別的操作，從而發現系統可能面臨的非法訪問,通過采取相應的措施，將這種安全隱患減到最低。這些在FAT32文件系統下,是不能實現的。
6. 在Win 2000的NTFS文件系統下可以進行磁盤配額管理。磁盤配額就是管理員可以為用戶所能使用的磁盤空間進行配額限制，每一用戶只能使用最大配額范圍內的磁盤空間。設置磁盤配額后，可以對每一個用戶的磁盤使用情況進行跟蹤和控制，通過監測可以標識出超過配額報警閾值和配額限制的用戶，從而采取相應的措施。磁盤配額管理功能的提供，使得管理員可以方便合理地為用戶分配存儲資源，避免由于磁盤空間使用的失控可能造成的系統崩潰，提高了系統的安全性。
7. NTFS使用一個“變更”日志來跟蹤記錄文件所發生的變更。
小提示(選取FAT32和NTFS的建議)

在系統的安全性方面，NTFS文件系統具有很多FAT32文件系統所不具備的特點，而且基于NTFS的Win 2000運行要快于基于FAT32的Win 2000；而在與Win 9X的兼容性方面，FAT32優于NTFS。所以在決定Win 2000中采用什么樣的文件系統時應從以下幾點出發：
1. 計算機是單一的Win 2000系統，還是采用多啟動的Win 2000系統；

2. 本地安裝的磁盤的個數和容量；

3. 是否有安全性方面的考慮等。
基于以上的考慮，如果要在Win 2000中使用大于32GB的分區的話，那么只能選擇NTFS格式。如果計算機作為單機使用，不需要考慮安全性方面的問題，更多地注重與Win 9X的兼容性，那么FAT32是最好的選擇。如果計算機作為網絡工作站或更多的追求系統的安全性，而且可以在單一的Win 2000模式下運行，強烈建議所有的分區都采用NTFS格式；如果要兼容以前的應用，需要安裝Win 9X或其它的操作系統，建議做成多啟動系統，這就需要兩個以上的分區，一個分區采用NTFS格式，另外的分區采用FAT32格式，同時為了獲得最快的運行速度建議將Win 2000的系統文件放置在NTFS分區上，其它的個人文件則放置在FAT32分區中