由于操作系統的變更和升級，例如windows xp轉為win7系統，往往需要轉換不同的分區格式，分區格式的轉換有兩種途徑：一是操作系統本身提供的轉換工具，而是使用第三磁盤工具。如power-quest partionmagic 分區魔術師。

（1）fat16向fat32及ntfs的轉換

系統自帶工具： 在windows 98系統中的轉換：單擊開始中的“程序”菜單下的“附件”。

選擇“系統工具”菜單下的“驅動器轉換器”命令。

根據向導提示完成轉換操作。

在windows nt、/2000/xp系統中的轉換。Windowsnt、2000、xp提供了fat16/fat32向ntfs轉換的工具convert，它是一個dos命令行程序，通過這個工具可以在不破壞fat文件系統的前提下，直接將fat轉換為ntfs。命令格式為：convert盤符（加冒號）/fs：ntfs。操作步驟如下：

切換到dos命令行窗口，在提示符下鍵入：《需要轉換的盤符》/fs：ntfs。

例如系統e盤原來為fat16/32/現在需要轉換為ntfs可使用格式：converte：/fs:ntfs。

所有的轉換將在系統重新啟動后完成。

2）使用第三方磁盤工具

可以使用專門的轉換工具來進行分區格式的轉換，如powerquest partitionmagic。

Powerquest parittionmagic，簡稱pqmagic，是一個專門用于硬盤分區管理的工具。該工具可以在不損失硬盤中已有數據的前提下對硬盤進行重新分區、格式化分區、復制分區、移動分區、隱藏/重現分區、從任意分區引導系統、轉換分區（如fat《--》fat32）結構屬性等。

（2）fat32向fat46及ntfs的轉換。Pqmagic支持fat32向fat16的轉換，而向ntfs分區轉換則必須在 windows nt/2000/xp下進行，兩者的操作與“fat16向fat32及ntfs的轉換”中“fat16轉fat32”“fat16轉ntfs”對應操作相似。

（3）Ntfs向fat16及fat32的轉換。Pqmagic支持ntfs向fat32的轉換，由于ntfs分區格式的特殊性，轉換過程的時間較長，轉換前一定要對重要數據進行備份以防萬一。為了保證數據的無損，應先將ntfs轉換為fat32后，再轉換fat16。